A reestruturação e a modernização institucional da Pesagro-Rio e a necessidade de redirecionamento e de ganho de eficiência permanente dos projetos de pesquisa levaram a diretoria da empresa a transformar suas estações e campos experimentais em Centros Estaduais de Pesquisa, de vocação e atuação especializada nos segmentos produtivo agropecuário e agroindustrial, de alimentos e de sanidade animal e vegetal.
Com a aprovação do Conselho de Administração, foram criados o Centro Estadual de Pesquisa em Agroenergia e Aproveitamento de Resíduos, em Campos dos Goytacazes; o Centro Estadual de Pesquisa e Desenvolvimento da Pecuária Leiteira, em Itaocara; o Centro Estadual de Pesquisa em Agricultura Orgânica, em Seropédica; o Centro Estadual de Pesquisa em Horticultura, em Nova Friburgo; o Centro Estadual de Pesquisa em Desenvolvimento Rural Sustentável, em Macaé; o Centro Estadual de Pesquisa em Agroflorestas, em Silva Jardim; e, em Niterói, onde também está localizada a sede da empresa, o Centro Estadual de Pesquisa em Sanidade Animal e o Centro Estadual de Pesquisa em Qualidade de Alimentos.
Para a execução de suas pesquisas, a Pesagro-Rio conta, ainda, com o Campo Experimental de Avelar, no município de Paty de Alferes, ligado ao Centro Estadual de Pesquisa em Agricultura Orgânica e com a Unidade Avançada de Miracema, ligada ao Centro Estadual de Pesquisa em Sanidade Animal, além do Laboratório de Análises de Solo e Foliar, no município de Itaperuna e do Laboratório de Qualidade da Bebida do Café, no município de Varre-Sai.
A empresa é responsável, também, pelo Serviço de Informação de Mercado Agrícola - SIMA/RJ que pesquisa, analisa, divulga e dissemina as cotações e condições do mercado atacadista de produtos importantes na comercialização do Estado do Rio de Janeiro.
Centro Estadual de Pesquisa em Agroenergia e Aproveitamento de Resíduos – CEPAAR
Centro Estadual de Pesquisa em Agricultura Orgânica - CEPAO
Centro Estadual de Pesquisa em Desenvolvimento Rural Sustentável – CEPRUS
Centro Estadual de Pesquisa em Sanidade Animal Geraldo Manhães Carneiro – CEPGM
Centro Estadual de Pesquisa em Qualidade de Alimentos - CEPQA
Centro Estadual de Pesquisa em Agroflorestas – CEPA
Centro Estadual de Pesquisa em Horticultura - CEPH
Centro Estadual de Pesquisa e Desenvolvimento da Pecuária Leiteira - CEPDPL