No processo de Transformação Digital, a SUBPEI, instituída pelo Decreto Estadual n° 48.378, de 20 de março de 2023, tem como objetivo contribuir com o planejamento e estruturação de projetos especiais de tecnologia e inovação do governo. Dentre suas principais atribuições, podemos citar a formação de parcerias nacionais e internacionais que estimulam o desenvolvimento científico e tecnológico do Estado em prol da efetividade das políticas públicas. 

A Subsecretaria tem co-participação na elaboração de editais de fomento e financiamento em conjunto com os demais órgãos do poder executivo para viabilização de projetos criativos e inovadores e, principalmente, institucionalizar, estruturar e gerenciar as atividades relacionadas à criação de um Laboratório de Inovação no Estado do Rio de Janeiro, cuja finalidade principal será a mudança no padrão de prestação de serviços pela administração pública estadual, tendo como foco a melhoria do atendimento e da qualidade de vida do cidadão, de modo que suas demandas ao serviço público estadual sejam respondidas com clareza, celeridade e alto padrão de qualidade.