A Diretoria de Planejamento e Gestão é responsável por propor políticas e programas na área de governança, planejamento e gestão do contrato de metas. Ela estabelece as diretrizes técnicas para a execução das atividades da Fundação Saúde. Atualmente, o diretor de planejamento e gestão é Carlos Enaldo de Araujo Pacheco.